Кластер пробудился, и доктор Эггман возглавляет отчаянную экспедицию к самому ядру планеты, чтобы найти центр всего улья Кластера - и одновременно с этим, найти способ его уничтожить. Что ж, это ему удалось... Древняя машина, которая зовёт себя "Надзирателем", вновь пришла в активность спустя много лет. А вместе с ней... ...спустя столько лет получила продолжение и Война Кластера!

Все попытки доктора Роботника уничтожить Мобиус провалились, а это значит, что теперь ему предстоит возглавить ударный отряд, который направится в самый центр планеты. И ему и всем, кто его сопровождает, предстоит действовать быстро и решительно - ведь Кластер уже по-настоящему пробудился, и население поверхности уже отчаянно сражается за свои жизни, дома и весь их мир!

Экспедиция Соника и доктора Роботника в глубины Мобиуса обернулась крайне неожиданным образом - в подводных пещерах, они обнаружили загадочные яйца, при одном только виде которых доктор немедленно отбросил прочь все свои планы, сбежал на далёкую космическую станцию и привёл в действие свой план - уничтожить Мобиус... вместе со всеми своими врагами и... врагами? Каким будет следующий его шаг после того, как он уничтожит планету, на которой провёл так много лет?

После победы над Оригиналом и его армией КваКов, жители Мобиуса разошлись по своим делам, и в мире снова наступило тихое и скучное время. Но Соник не намерен мириться с тем, что его лучший друг бесследно потерян в неизвестности пространства и времени, и возвращается к доктору Роботнику... и оказывается втянут в очень подозрительную экспедицию к глубинам планеты, спровоцированную самим Тейлзом...